بارگاه مبارک حضرت امامزاده سید اسماعیل (ع) در ضلع جنوبی مسجد جامع شهر میانه قرار دارد که مزار مطهر فرزند امامزاده سید محمد (کندوان) و نوه حضرت امام جعفر صادق (ع) است. این امامزاده بیش از ۵۰۰ سال پیش و در سال ۹۲۳ هجری قمری کشف و شناسائی شده است و اکنون رسماً به ثبت رسیده است. سطح خارج گنبد امامزاده تا چندی پیش با کاشیهای فیروزه ای رنگ تزیین شده بود ولی اکنون در پی تعمیر و نوسازی اساسی آن اکثر این خصوصیات از بین رفت و ساختمان آن از نو به طرز جالب و با سبک معماری پیشرفته و آمیخته با فرهنگ و هنر اسلامی تجدید بنا شد. بقعه جدید امامزاده اسماعیل با هنرنمائی قلمزنان ماهر اصفهان در سال ۱۳۷۸ جایگزین بقعه قدیمی گردید. گلدسته این مسجد و امامزاده به ارتفاع ۱۳ متر و قطر قاعده پائینی ۳.۵ متر می باشد که در سال ۱۲۵۸قمری بدست «عوض اوغلو بایرامعلی» ساخته شده است. گویا کتیبه ای روی این گلدسته وجود داشته است که به تاریخ و سازنده آن اشاره شده بود ولی نتوانستیم آنرا ببینیم. گویا آنرا برداشته اند.
متأسفانه با اینکه سالهاست که کوچه ها و خانه های اطراف این امامزاده بخاطر طرح گسترش امامزاده برای ساخت و ساز ، غیرمجاز اعلام شده بود ، ولی در سالجاری شاهد ساخت و ساز آپارتمانهای جدیدوبرخی ساختمانهای بانکها هستیم که حتی گلدسته بلند این امامزاده را هم پنهان کرده است. امید که لااقل طرح ایجاد خیابان در ضلع غربی این امامزاده تحقق یابد.ضمناً مسجد جامع از متعلقات این امامزاده است که در کنار این امامزاده بنا شده است و محل برپائی نماز جمعه می باشد.
